С 2000 по 2010 год Егоров руководил Ялтинским, Одесским, Донузлавским портами, а также Херсонским морским портом, который возглавлял около 5 лет.
Также известен как руководитель урегулировавший несколько  конфликтов на предприятиях морехозяйственного комплекса при смене руководства.

Пресс-портрет.

Андрей Егоров назначнен начальником спецпорта «Октябрьск». (23 мая 2012)

"Егорова считают требовательным и жестким руководителем, умеющим
добиваться слаженной работы подчинненых. Именно при нем порт вышел на
стабильные показатели работы и роста переработки грузов, увеличились
налоговые отчисления в бюджет, а подготовленная генеральная схема
развития порта до 2015 года была включена в Программу
социально-экономического развития Херсонской области."

Совместная деятельность – безальтернативна, – начальник Херсонского порта А.Егоров (14 апреля 2010)

Поэтому совместная деятельность на сегодняшний момент безальтернативна в рамках действующего законодательства, но она – не панацея. Сегодня могут быть рассмотрены и варианты концессии, договоров управления и оказания услуг с договором аренды. К сожалению, мы не можем двигаться в этом направлении – топчемся на месте, потому что нет законодательной базы. Нынешние нормативно-правовые документы не упрощают, а усложняют систему взаимоотношений инвестора и госпредприятия. Это огромнейшая процедура согласований, которая может тянуться годами…

«Все пункты колдоговора выполнены», – начальник Херсонского порта Егоров (20 марта 2009)

«Капитальные инвестиции в прошлом году составили 16 млн. грн. (11 млн. грн. в 2006 году). Приобретено техники и оборудования на 8,244 млн. грн. Вся сумма капвложений осуществлена за счет собственных средств»,- отметил председатель профкома В.В. Тернавский.

Попытка назначения А.Егорова начальником Ильичевского порта – ВИДЕО (31 января 2009)

Также А. Егоров опроверг заявления председателя профкома порта
Сергея Брызгалова о том, что его и директора Департамента морского и
речного транспорта Владимира Работнева «выгнали» из порта. «Мы ушли сами. Главное было, чтоб не пострадали люди», – отметил он.А. Егоров оценил действия С. Брызгалова 30 – 31 января как «провокацию, которая может привести к банкротству порта».

Егоров захватывает Ильичевский порт, избивая охрану – ВИДЕО (31 января 2009)